In 1932 bracht Maria Montessori een bezoek aan het Lyceum.Op de foto hierboven zit zij met bloemen tussen de leerlingenvoor het schoolgebouw aan de Lairessestraat 156. Lang nam het Montessori Lyceum Amsterdam als enige school voor voortgezet montessori-onderwijs in Nederland een unieke positie in.Vanaf 1938 werd op initiatief van het gemeentebestuur twee montessori-ulo’s gesticht, de eerste in 1938 in het centrum van de stad en de tweede in 1958 in Amsterdam-west. Hierdoor konden leerlingen die niet voor het lyceum (gymnasium & hbs) in aanmerking kwamen toch voortgezet montessori-onderwijs volgen. Later zijn deze twee scholen na een bestuurlijke fusie in 1992 opgegaan in het Montessori Lyceum Amsterdam. In 1995 werd de stichting Montessori Scholengemeenschap Amsterdam (MSA) opgericht met als doel het aanbod van kwalitatief en hoogwaardig voortgezet montessori-onderwijs in Amsterdam te waarborgen en op hoog niveau te houden. Met het ontstaan van de MSA konden andere scholen die ook vanuit de visie van Maria Montessori op onderwijs en opvoeding wilden werken zich aansluiten bij de stichting. In 1995 sloten het Amstellyceum en de IVKO zich bij de stichting aan. In 2008 ging het Cosmicus Montessori Lyceum als deelschool van het Amstellyceum
van start. Voor al deze scholen vormt het bestuur van de stichting het bevoegd gezag.